Soluciones de flujo de trabajo de secuenciación de ARN Twist

RNA-Seq Library Preparation Overview

Twist RNA library preparation offers workflow which was optimized to take a sample through to completed library in as little as 5 hours (left). The whole transcriptome libraries can be sequenced directly for comprehensive analysis. They may also be used as input into Twist RNA target enrichment workflow with our Target Enrichment panels for RNA Exome, RNA Fusion, or custom designed RNA enrichment panels which focus NGS coverage on coding regions enabling gene expression analysis, fusion detection, and identification of coding variants from a single assay (right).

RNA-Seq Library Preparation Workflow

Starting with total RNA as input from 1 ng up to 1 ug of input can be introduced into the workflow with or without the optional ribosomal RNA and Globin depletion module to remove unwanted RNA species. The RNA is fragmented and then reverse transcribed into cDNA followed by a single-step 2nd strand synthesis and A-tailing that saves time and procedure steps. Finally, libraries are constructed by ligating Twist high quality UMIs or Universal Adaptors (UDIs) followed by amplification.

Exoma de ARN

El exoma de ARN Twist, junto con la preparación de bibliotecas de ARN Twist y el enriquecimiento del objetivo Twist, proporciona una herramienta fiable para generar datos de secuenciación del transcriptoma a partir de ARN extraído de diversas fuentes, como muestras FFPE. El exoma de ARN aumenta la señal al tiempo que requiere menos lecturas de secuenciación para el mismo número de genes detectados. Esto permite la detección de objetivos de baja expresión que son fundamentales para obtener una imagen precisa del estado de transcripción de la muestra biológica. Además, el enfoque de diseño que tiene en cuenta los exones del exoma de ARN deja abierta la posibilidad de detectar isoformas y uniones que, de otro modo, podrían perderse con los enfoques de diseño típicos. Esta solución completa de secuenciación puede producir lecturas de secuenciación altamente complejas y uniformes para el análisis de secuenciación de ARN de las secuencias de codificación de proteínas del transcriptoma humano.

Más objetivos, menos lecturas

El exoma de ARN Twist detecta más objetivos con menos lecturas en un rango de entradas de ARN con ARN de referencia humano universal y FFPE. Todas las bibliotecas se han preparado con la preparación de bibliotecas de ARN Twist.

Fusión de ARN

Las fusiones de genes suelen actuar como mutaciones impulsoras oncogénicas en una amplia variedad de tipos de cáncer. Su detección rápida y precisa puede servir de base para las acciones clínicas y orientar las decisiones de tratamiento. El kit del panel de fusión de ARN Twist Alliance CeGaT es un panel de enriquecimiento basado en ARN que mejora el enfoque dirigido y sensible para la investigación de fusiones de genes en comparación con los métodos convencionales.

Este panel incluye 160 genes de fusión asociados con aproximadamente 30 tipos de cáncer. La fusión de genes ha sido seleccionada por CeGaT, una empresa líder en diagnóstico genético y la secuenciación con sede en Europa. El diseño no es solo para la detección de fusiones de genes conocidas, sino que también se utiliza para identificar nuevas fusiones de genes.

El panel está optimizado y validado para su uso con el kit de preparación de bibliotecas de ARN Twist para un flujo de trabajo completo de extremo a extremo de rendimiento excepcional. La alta eficiencia de captura con el enriquecimiento basado en ARN aumenta la sensibilidad de la detección. Este panel es ideal para el cribado de muestras oncológicas con el fin de informar sobre las opciones de tratamiento o descubrir nuevas fusiones para la clasificación de tumores.*

Diseño del panel

• 160 genes asociados a la fusión con 66 genes en el diseño de valores críticos
• 7394 sondas
• Cubre una variedad de diferentes tipos de cáncer

* Nota: Panel de fusión de ARN Twist Alliance CeGaT, 3 MB, cuenta con la certificación ISO-13485.