La pandemia del coronavirus ha dado lugar a una rápida respuesta de la comunidad de investigación y terapéutica viral en todo el mundo. Estos equipos de investigación necesitan herramientas genómicas sólidas y fiables para clasificar y caracterizar muestras virales. Twist ofrece paneles de enriquecimiento del objetivo por NGS para uso exclusivo en investigación para la detección y caracterización del virus SARS-CoV-2. El panel tiene como objetivo unos genomas virales de 30 kb con aproximadamente 1000 sondas, diseñados contra el genoma del SARS-CoV-2 (GenBank: MN908947.3).
Presentamos el análisis de NGS del SARS-CoV-2 de uso exclusivo en investigación: un análisis basado en captura de hibridación de ácidos nucleicos altamente sensible que se utiliza para la detección, caracterización y monitorización ambiental del virus SARS-CoV-2. Utiliza la capacidad única de Twist Bioscience para desarrollar rápidamente paneles específicos del virus mediante la síntesis de ADN y el software de análisis de datos integral y las capacidades de generación de informes de Biotia (COVID-DX [v1.0]).
- Nivel de detección sensible de tan solo 800 copias virales por ml en cada muestra
- Cobertura >99,9 % del genoma a 1X o un postenriquecimiento mayor
- Capacidad para identificar mutaciones virales nuevas
- El informe de analíticas del software de uso exclusivo en investigación proporciona la tipología de las variantes y un análisis filogenético de la vigilancia epidemiológica.
La pandemia del coronavirus ha dado lugar a una rápida respuesta de la comunidad de investigación y terapéutica viral en todo el mundo. Estos equipos de investigación necesitan herramientas genómicas sólidas y fiables para clasificar y caracterizar muestras virales. Twist ofrece paneles de enriquecimiento del objetivo por NGS para uso exclusivo en investigación para la detección y caracterización del virus SARS-CoV-2. El panel tiene como objetivo unos genomas virales de 30 kb con aproximadamente 1000 sondas, diseñados contra el genoma del SARS-CoV-2 (GenBank: MN908947.3).
Presentamos el análisis de NGS del SARS-CoV-2 de uso exclusivo en investigación: un análisis basado en captura de hibridación de ácidos nucleicos altamente sensible que se utiliza para la detección, caracterización y monitorización ambiental del virus SARS-CoV-2. Utiliza la capacidad única de Twist Bioscience para desarrollar rápidamente paneles específicos del virus mediante la síntesis de ADN y el software de análisis de datos integral y las capacidades de generación de informes de Biotia (COVID-DX [v1.0]).
- Nivel de detección sensible de tan solo 800 copias virales por ml en cada muestra
- Cobertura >99,9 % del genoma a 1X o un postenriquecimiento mayor
- Capacidad para identificar mutaciones virales nuevas
- El informe de analíticas del software de uso exclusivo en investigación proporciona la tipología de las variantes y un análisis filogenético de la vigilancia epidemiológica.
NGS para la detección de virus
La secuenciación de última generación (NGS) ofrece una identificación específica y de alto rendimiento de diferentes tipos de muestras, incluida la sangre, los hisopos nasales, las heces, etc. Sin embargo, en el caso de las infecciones virales, la secuenciación directa puede resultar un reto debido a la concentración extremadamente baja de los virus de interés y la presencia de una gran cantidad de otros elementos del huésped. La captura del objetivo utilizando sondas de hibridación basadas en el ADN para aislar secuencias específicas de una muestra genómica mixta puede aumentar la sensibilidad y la especificidad de los esfuerzos basados en la secuenciación de última generación (NGS).
La alta sensibilidad y la captura de objetivos precisa de Twist permiten la detección eficiente de ARN viral. Demostramos la capacidad del enriquecimiento del objetivo para capturar y detectar el genoma viral a diferentes números de copias virales agregadas a ARN humano de referencia. Con una carga viral alta (aproximadamente 1 millón de copias), se recupera el genoma completo incluso con solo 25 000 lecturas. Mientras que, con números de copias menores, se mantiene la cobertura de grandes porciones de la plantilla viral. No hubo lecturas del mapa de control negativo para la plantilla viral ni siquiera usando 8 millones de lecturas mapeadas, lo que demuestra que nuestra detección a 10 copias representa una captura real y no una contaminación de fondo. Obtenga más información en la nota de la aplicación.
* Cuando se utiliza COVID-Dx, se necesita 1 millón de lecturas para los análisis.
El panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist se proporciona con un protocolo fácil de seguir a partir de muestras de ARN purificado para la secuenciación con componentes fácilmente disponibles.
NGS para la detección de virus
La secuenciación de última generación (NGS) ofrece una identificación específica y de alto rendimiento de diferentes tipos de muestras, incluida la sangre, los hisopos nasales, las heces, etc. Sin embargo, en el caso de las infecciones virales, la secuenciación directa puede resultar un reto debido a la concentración extremadamente baja de los virus de interés y la presencia de una gran cantidad de otros elementos del huésped. La captura del objetivo utilizando sondas de hibridación basadas en el ADN para aislar secuencias específicas de una muestra genómica mixta puede aumentar la sensibilidad y la especificidad de los esfuerzos basados en la secuenciación de última generación (NGS).
La alta sensibilidad y la captura de objetivos precisa de Twist permiten la detección eficiente de ARN viral. Demostramos la capacidad del enriquecimiento del objetivo para capturar y detectar el genoma viral a diferentes números de copias virales agregadas a ARN humano de referencia. Con una carga viral alta (aproximadamente 1 millón de copias), se recupera el genoma completo incluso con solo 25 000 lecturas. Mientras que, con números de copias menores, se mantiene la cobertura de grandes porciones de la plantilla viral. No hubo lecturas del mapa de control negativo para la plantilla viral ni siquiera usando 8 millones de lecturas mapeadas, lo que demuestra que nuestra detección a 10 copias representa una captura real y no una contaminación de fondo. Obtenga más información en la nota de la aplicación.
* Cuando se utiliza COVID-Dx, se necesita 1 millón de lecturas para los análisis.
El panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist se proporciona con un protocolo fácil de seguir a partir de muestras de ARN purificado para la secuenciación con componentes fácilmente disponibles.
Análisis de Biotia
El panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist se ha combinado con otros reactivos y análisis para crear una solución integral que abarca desde la recogida de la muestras hasta analíticas terciarias y proporciona el análisis de NGS del SARS-CoV-2.
El software Biotia COVID-DX (v1.0) proporciona un informe orientado a la investigación que incluye la secuencia completa del virus del SARS-CoV-2, lo que permite una mejor comprensión de las mutaciones, las variaciones genéticas y la evolución del virus como se transmite. Los archivos FASTQ (resultado de secuenciación) pueden generarse en los laboratorios y enviarse a Biotia COVID-DX (v1.0), un software basado en la nube, para generar informes de uso exclusivo en investigación. La compra de cada kit de análisis de NGS del SARS-CoV-2 incluye créditos para el análisis bioinformático de COVID-DX (v1.0) de cada muestra.
Para recibir los créditos de análisis de Biotia, solo tiene que registrarse a través del portal del usuario de Biotia en www.biotia.io e introducir el número de pedido exclusivo que se le haya enviado una vez realizado el pedido. Estos créditos proporcionan acceso para ejecutar muestras mediante el componente de generación de informes del software.
Las variantes genéticas se determinan mediante la alineación de la cepa de la prueba con el genoma de referencia del SARS-CoV-2 (NC_045512.2) con información sobre la ubicación/sitio del gen, la alteración y las notas bibliográficas, en su caso.
| SARS-CoV-2 detectado | Gen | Sitio (bp) | Alteración | Valor de referencia |
| Sí | GORF1ab | 241 | T | No detectado |
| Sí | ORF1ab | 478 | T | No detectado |
| Sí | ORF1ab | 3.037 | T | No detectado |
| Sí | ORF1ab | 14408* | T | No detectado |
| Sí | ORF1ab | 18877 | T | No detectado |
| Sí | S | 23403 | G | No detectado |
| Sí | 3a | 25563 | T | No detectado |
| Sí | 3’UTR | 29759 | C | No detectado |
Se indican el porcentaje de genoma del SARS-CoV-2 recuperado de la muestra de la prueba y las variantes genéticas identificadas en comparación con el genoma de referencia. Se muestra la proporción de variantes genéticas conocidas de cepas del SARS-CoV-2 de todo el mundo (parte inferior).
La muestra de la prueba está más estrechamente relacionada con el clado 20A.
Este clado se encuentra con mayor frecuencia entre las muestras secuenciadas en los Estados Unidos, Bélgica y Francia.
Análisis de Biotia
El panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist se ha combinado con otros reactivos y análisis para crear una solución integral que abarca desde la recogida de la muestras hasta analíticas terciarias y proporciona el análisis de NGS del SARS-CoV-2.
El software Biotia COVID-DX (v1.0) proporciona un informe orientado a la investigación que incluye la secuencia completa del virus del SARS-CoV-2, lo que permite una mejor comprensión de las mutaciones, las variaciones genéticas y la evolución del virus como se transmite. Los archivos FASTQ (resultado de secuenciación) pueden generarse en los laboratorios y enviarse a Biotia COVID-DX (v1.0), un software basado en la nube, para generar informes de uso exclusivo en investigación. La compra de cada kit de análisis de NGS del SARS-CoV-2 incluye créditos para el análisis bioinformático de COVID-DX (v1.0) de cada muestra.
Para recibir los créditos de análisis de Biotia, solo tiene que registrarse a través del portal del usuario de Biotia en www.biotia.io e introducir el número de pedido exclusivo que se le haya enviado una vez realizado el pedido. Estos créditos proporcionan acceso para ejecutar muestras mediante el componente de generación de informes del software.
Las variantes genéticas se determinan mediante la alineación de la cepa de la prueba con el genoma de referencia del SARS-CoV-2 (NC_045512.2) con información sobre la ubicación/sitio del gen, la alteración y las notas bibliográficas, en su caso.
| SARS-CoV-2 detectado | Gen | Sitio (bp) | Alteración | Valor de referencia |
| Sí | GORF1ab | 241 | T | No detectado |
| Sí | ORF1ab | 478 | T | No detectado |
| Sí | ORF1ab | 3.037 | T | No detectado |
| Sí | ORF1ab | 14408* | T | No detectado |
| Sí | ORF1ab | 18877 | T | No detectado |
| Sí | S | 23403 | G | No detectado |
| Sí | 3a | 25563 | T | No detectado |
| Sí | 3’UTR | 29759 | C | No detectado |
Se indican el porcentaje de genoma del SARS-CoV-2 recuperado de la muestra de la prueba y las variantes genéticas identificadas en comparación con el genoma de referencia. Se muestra la proporción de variantes genéticas conocidas de cepas del SARS-CoV-2 de todo el mundo (parte inferior).
La muestra de la prueba está más estrechamente relacionada con el clado 20A.
Este clado se encuentra con mayor frecuencia entre las muestras secuenciadas en los Estados Unidos, Bélgica y Francia.
104796
Análisis de NGS del SARS-CoV-2 Twist, uso exclusivo en investigación, 16 muestras104797
Análisis de NGS del SARS-CoV-2 Twist, uso exclusivo en investigación, 96 muestras104799
Análisis de NGS del SARS-CoV-2 Twist, uso exclusivo en investigación, 768 muestras103564
Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 2 reacciones, kit103566
Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 12 reacciones, kit103567
Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 96 reacciones, kit102016
Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 2 reacciones, kit102017
Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 12 reacciones, kit102018
Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 96 reacciones, kitLos controles sintéticos del ARN del SARS-CoV-2 Twist son únicamente para uso en investigación y están sujetos a restricciones de uso adicionales establecidas en los Términos y condiciones de suministro de Twist.
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Análisis de NGS del SARS-CoV-2 Twist, uso exclusivo en investigación, 16 muestras104797
Análisis de NGS del SARS-CoV-2 Twist, uso exclusivo en investigación, 96 muestras104799
Análisis de NGS del SARS-CoV-2 Twist, uso exclusivo en investigación, 768 muestras103564
Panel de investigación SARS-CoV-2 Twist + Biotia COVID DX (v1.0): solo investigación, 2 reacciones, kit103566
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Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 2 reacciones, kit102017
Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 12 reacciones, kit102018
Panel de investigación del SARS-CoV-2 Twist, 96 reacciones, kitLos controles sintéticos del ARN del SARS-CoV-2 Twist son únicamente para uso en investigación y están sujetos a restricciones de uso adicionales establecidas en los Términos y condiciones de suministro de Twist.
Ficha del producto
Nota de aplicación
Nota de aplicación
Captura de objetivos basada en la secuenciación de última generación (NGS) para la caracterización y detección del SARS-CoV-2
Protocolo
Nota de aplicación
Captura de objetivos basada en la secuenciación de última generación (NGS) para la caracterización y detección del SARS-CoV-2
