Flujo de trabajo simplificado para una secuenciación de rendimiento ultraalto
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT de Twist ofrece una alternativa a las tecnologías basadas en micromatrices tradicionales gracias al uso de secuenciación de última generación (NGS) para estudios de población, agrigenómica y otras aplicaciones de rendimiento ultraalto. Gracias al uso combinado de la tecnología Normalization by LigationTM (NBL) de Twist con métodos de fragmentación enzimática, el kit ofrece normalización integrada de muestras en una amplia gama de entradas de ADN, lo que reduce a la vez el coste y la complejidad de los pasos típicos de procesamiento de muestras. La asignación temprana de códigos de barras a las muestras permite la agrupación posterior de doce muestras independientes en una reacción para un flujo de trabajo más optimizado y eficiente.
Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
* Basado en un flujo de trabajo de 8 pocillos frente a uno de 96 pocillos
Lea sobre el conjunto de herramientas de genómica poblacional de Twist que permite la flexibilidad, el rendimiento y la economía a escala del experimento.
Este documento proporciona más detalles y datos de respaldo sobre el rendimiento.
Descubra el enfoque de Twist con respecto a la secuenciación de rendimiento ultraalto
Preguntas frecuentes
Flujo de trabajo simplificado para una secuenciación de rendimiento ultraalto
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT de Twist ofrece una alternativa a las tecnologías basadas en micromatrices tradicionales gracias al uso de secuenciación de última generación (NGS) para estudios de población, agrigenómica y otras aplicaciones de rendimiento ultraalto. Gracias al uso combinado de la tecnología Normalization by LigationTM (NBL) de Twist con métodos de fragmentación enzimática, el kit ofrece normalización integrada de muestras en una amplia gama de entradas de ADN, lo que reduce a la vez el coste y la complejidad de los pasos típicos de procesamiento de muestras. La asignación temprana de códigos de barras a las muestras permite la agrupación posterior de doce muestras independientes en una reacción para un flujo de trabajo más optimizado y eficiente.
Lea sobre el conjunto de herramientas de genómica poblacional de Twist que permite la flexibilidad, el rendimiento y la economía a escala del experimento.
Este documento proporciona más detalles y datos de respaldo sobre el rendimiento.
Descubra el enfoque de Twist con respecto a la secuenciación de rendimiento ultraalto
Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
* Basado en un flujo de trabajo de 8 pocillos frente a uno de 96 pocillos
Preguntas frecuentes
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT Twist adopta un nuevo enfoque de Normalization by LigationTM que elimina la necesidad de la normalización previa y la cuantificación intermedia, lo que optimiza el flujo de trabajo de secuenciación.
Las reacciones de fragmentación y ligadura se preparan en un pocillo por muestra. Los adaptadores usados durante la ligadura contienen códigos de barra en línea que permiten la agrupación de los 12 pocillos consecutivos en una placa de 96 pocillos. Las agrupaciones individuales se preparan con índices (UDI) añadidos por PCR para la desmultiplexación de la agrupación. El rendimiento de la secuenciación se puede maximizar gestionando hasta 1.152 muestras en un solo ciclo de secuenciación de un kit FlexPrep. Esta eficiencia incrementada se puede traducir en ahorros en costes y consumibles.
Normalización de la profundidad de lectura de NGS con entrada de masa de ADN variable. El porcentaje de los recuentos totales de lecturas identificado de cada biblioteca se calcula tras un índice doble único y la desmultiplexación de los códigos de barras en línea. La media con la normalización perfecta se calcula en un 1,04 % (100/96).
FlexPrep UHT genera bibliotecas de alta complejidad con una cobertura uniforme tras el enriquecimiento del objetivo. En combinación con los paneles personalizados Twist, FlexPrep ofrece una cobertura ajustable de SNP, k-meros, variantes estructurales y otras áreas genómicas de interés. Los materiales enriquecidos se submuestrearon a una cobertura media 75x. Se comunican métricas clave de enriquecimiento del objetivo de Picard.
Enriquecimiento del objetivo con 96-plexEntrada de masa de ADNg de 30 ng a 300 ng en la preparación de bibliotecas |
|
Métricas con un cobertura sin procesar 75x |
+/- desviación estándar media |
Bases seleccionadasCobertura media de objetivosQuimerasPenalización “fold-80 base”Bases cubiertas a 10XBases cubiertas a 20XBases cubiertas a 0X |
79,22 % +/- 0,54 %32,74 +/- 4,781,31 % +/- 0,38 %1,416 +/- 0,04496,06 % +/- 0,94 %85,41 % +/- 6,36 %0,43 % +/- 0,04 % |
* Método usado: Se prepararon 96 bibliotecas con ADN genómico (ADNg) (NA12878) humano usando el kit de preparación de bibliotecas FlexPrep UHT Twist y el protocolo de enriquecimiento del objetivo FlexPrep como un 96-plex con un panel personalizado de 800 kb antes de secuenciar en un Illumina NextSeq 550. Se generaron ocho grupos de bibliotecas de 12 muestras con un intervalo de entrada de masa variable de entre 30 ng y 300 ng en cada grupo de bibliotecas. ** Kits estándar basados en flujos de trabajo que usan fragmentación enzimática seguida por ligadura y PCR.*** Todos los gráficos, tablas, figuras de acuerdo con los datos internos de Twist a septiembre de 2024. Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
El kit de preparación de bibliotecas FlexPrepTM UHT Twist adopta un nuevo enfoque de Normalization by LigationTM que elimina la necesidad de la normalización previa y la cuantificación intermedia, lo que optimiza el flujo de trabajo de secuenciación.
Las reacciones de fragmentación y ligadura se preparan en un pocillo por muestra. Los adaptadores usados durante la ligadura contienen códigos de barra en línea que permiten la agrupación de los 12 pocillos consecutivos en una placa de 96 pocillos. Las agrupaciones individuales se preparan con índices (UDI) añadidos por PCR para la desmultiplexación de la agrupación. El rendimiento de la secuenciación se puede maximizar gestionando hasta 1.152 muestras en un solo ciclo de secuenciación de un kit FlexPrep. Esta eficiencia incrementada se puede traducir en ahorros en costes y consumibles.
Normalización de la profundidad de lectura de NGS con entrada de masa de ADN variable. El porcentaje de los recuentos totales de lecturas identificado de cada biblioteca se calcula tras un índice doble único y la desmultiplexación de los códigos de barras en línea. La media con la normalización perfecta se calcula en un 1,04 % (100/96).
FlexPrep UHT genera bibliotecas de alta complejidad con una cobertura uniforme tras el enriquecimiento del objetivo. En combinación con los paneles personalizados Twist, FlexPrep ofrece una cobertura ajustable de SNP, k-meros, variantes estructurales y otras áreas genómicas de interés. Los materiales enriquecidos se submuestrearon a una cobertura media 75x. Se comunican métricas clave de enriquecimiento del objetivo de Picard.
Enriquecimiento del objetivo con 96-plexEntrada de masa de ADNg de 30 ng a 300 ng en la preparación de bibliotecas |
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Métricas con un cobertura sin procesar 75x |
+/- desviación estándar media |
Bases seleccionadasCobertura media de objetivosQuimerasPenalización “fold-80 base”Bases cubiertas a 10XBases cubiertas a 20XBases cubiertas a 0X |
79,22 % +/- 0,54 %32,74 +/- 4,781,31 % +/- 0,38 %1,416 +/- 0,04496,06 % +/- 0,94 %85,41 % +/- 6,36 %0,43 % +/- 0,04 % |
* Método usado: Se prepararon 96 bibliotecas con ADN genómico (ADNg) (NA12878) humano usando el kit de preparación de bibliotecas FlexPrep UHT Twist y el protocolo de enriquecimiento del objetivo FlexPrep como un 96-plex con un panel personalizado de 800 kb antes de secuenciar en un Illumina NextSeq 550. Se generaron ocho grupos de bibliotecas de 12 muestras con un intervalo de entrada de masa variable de entre 30 ng y 300 ng en cada grupo de bibliotecas. ** Kits estándar basados en flujos de trabajo que usan fragmentación enzimática seguida por ligadura y PCR.*** Todos los gráficos, tablas, figuras de acuerdo con los datos internos de Twist a septiembre de 2024. Solo para investigación. No utilizar en procedimientos diagnósticos o clínicos.
109220
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep™ UHT, 192 muestras109223
Kit de hibridación y Twist FlexPrep™ UHT LP, 192 muestras109224
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep™ UHT, 1152 muestras109226
Kit de hibridación y Twist FlexPrep™ UHT LP, 1152 muestras109220
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep™ UHT, 192 muestras109223
Kit de hibridación y Twist FlexPrep™ UHT LP, 192 muestras109224
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep™ UHT, 1152 muestras109226
Kit de hibridación y Twist FlexPrep™ UHT LP, 1152 muestras
Guía/Directriz
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT: Guía de desmultiplexación de muestras
Guía/Directriz
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT: Guía de desmultiplexación de muestras
Protocolo
Kit de preparación de bibliotecas Twist FlexPrep UHT con fragmentación enzimática y cebadores UDI Twist