Detección mejorada de metilación para flujos de trabajo de biopsia líquida
Las tecnologías de biopsia líquida están transformando rápidamente el panorama de la detección y el seguimiento temprano del cáncer. Al ofrecer un enfoque mínimamente invasivo, las biopsias líquidas permiten el análisis de biomarcadores circulantes como el cfDNA (ADN libre de células), que contienen información valiosa sobre las alteraciones genéticas y epigenéticas asociadas al cáncer. Entre estos biomarcadores, los cambios en la metilación del ADN se destacan como una vía prometedora para identificar y rastrear diversos tipos de cáncer con alta especificidad y sensibilidad.
A pesar de su potencial, trabajar con ADNlc presenta desafíos únicos debido a su abundancia limitada y sus patrones de fragmentación distintos. La mayoría de los fragmentos de ADNlc tienen una longitud de aproximadamente 167 pb, lo que refleja su origen unido al nucleosoma. Esta fragmentación da como resultado:
- Baja diversidad de inicio y parada, lo que da como resultado moléculas más únicas llamadas lecturas de secuenciación duplicadas
- Reducción de la complejidad de la biblioteca, lo que puede dificultar la sensibilidad del ensayo.
Estas propiedades inherentes hacen que los flujos de trabajo tradicionales de detección de metilación sean menos efectivos para el análisis de ADNlc, lo que requiere herramientas y técnicas avanzadas diseñadas para abordar estas limitaciones.
Los adaptadores UMI metilados de Twist mejoran los flujos de trabajo de metilación de ADNlc al permitir una deduplicación precisa a través de identificadores moleculares únicos (UMI), lo que reduce las llamadas de duplicación falsa en muestras de baja diversidad. Su diseño garantiza la compatibilidad con los protocolos EM-Seq, conservando la longitud de los fragmentos, maximizando los datos utilizables y dando como resultado una mejor cobertura y reproducibilidad del objetivo, lo que los convierte en una herramienta fundamental para estudios de metilación de alta confianza.
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