Sistema de detección de metilación por NGS

En asociación con New England Biolabs (NEB), Twist Bioscience ofrece un nuevo flujo de trabajo de secuenciación por metilación que mejora la calidad de las bibliotecas y elimina la necesidad del dañino tratamiento con bisulfito durante la preparación. 
 
El flujo de trabajo incluye la conversión enzimática de citosinas no metiladas (consulte la figura) para identificar sitios de metilcitosina (5mC) e hidroximetil-citosina (5hmC). 
 
La conversión enzimática produce bibliotecas más intactas con mejor representación y, en última instancia, consigue una detección de la metilación más sensible. El sistema de preparación de bibliotecas es apto para una secuenciación del genoma completo y el enriquecimiento posterior con paneles de metilación Twist. 

La conversión EM-seq conlleva una serie de pasos enzimáticos para convertir citosinas no metiladas en uracilos. El resultado final es el mismo que la conversión con bisulfito convencional, lo que hace que EM-seq sea compatible con las vías de análisis existentes que utilizan Bismark y la metilación BWA. 

El kit de hibridación rápida y lavado Twist proporciona un rendimiento óptimo y una flexibilidad máxima. Los reactivos y pasos pueden optimizarse para ajustar las métricas de secuenciación posteriores y reducir el tiempo de trabajo manual y el uso de las pipetas. 

Diseñados con un algoritmo muy sofisticado, los paneles de metilación personalizados Twist capturan objetivos con una eficiencia excepcional en una amplia gama de tamaños de objetivo. Juntos, estos componentes garantizan la mejor captura híbrida de regiones de interés personalizadas.

Los flujos de trabajo de secuenciación por metilación dirigida suelen presentar capturas fuera del objetivo porque el proceso de conversión reduce la complejidad de la secuencia de la muestra durante la preparación de bibliotecas. 

Con el fin de maximizar la captura de muestras posconversión, el sistema de detección de metilación por NGS Twist incluye un bloqueador patentado diseñado específicamente para la detección de la metilación. Denominado “potenciador de metilación”, este reactivo reduce las capturas fuera del objetivo a la mitad.  
 

Los niveles de metilación varían sustancialmente en el genoma humano y las regiones metiladas de forma diferencial (DMR) pueden utilizarse para identificar ciertos cánceres. 

Para comprobar los efectos de la metilación en el rendimiento del sistema de detección de metilación por NGS Twist, se generaron bibliotecas con distintos niveles de metilación (0-100 %) combinando ADN genómico hipo e hipermetilado en relaciones definidas. Este análisis demostró unos efectos mínimos en el nivel de metilación en las métricas de secuenciación finales.

El sistema de detección de metilación por NGS Twist también captura regiones hipo e hipermetiladas con una gran sensibilidad.