La desmultiplexación de bibliotecas de 96-plex Twist es diferente al proceso estándar. Los distintos códigos de barras de las muestras están en línea como parte de R1, en lugar de en la ubicación estándar i5. Debido a esto, las herramientas bcl2fastq2 y BCLconvert de Illumina no reconocen el código de barras de la muestra individual y, en su lugar, combinan todos los pocillos juntos en un único archivo FASTQ a nivel de placa durante la desmultiplexación, basándose en el índice sencillo i7. 

Para resolver esto, los usuarios de 96-plex deben seguir un proceso de desmultiplexación de dos pasos. Primero, los archivos BCL por ciclo deben convertirse en un FASTQ a nivel de placa y, luego, debe seguir una segunda conversión de los archivos FASTQ a nivel de placa en archivos FASTQ específicos de la muestra. Recomendamos usar el software de código abierto fgbio DemuxFastqs para producir FASTQ por muestra. Vea la guía de desmultiplexación en el sitio web de Twist para obtener más información.