Como el mecanismo de cambio de índice está ligado al cambio de adaptador, no es probable que ello afecte a las bibliotecas de 96-plex, ya que utilizan un código de barras en línea. Además, el paso final de selección del tamaño basado en las microesferas durante la preparación de la biblioteca debería minimizar la presencia de adaptadores sueltos en la biblioteca final.