Los problemas de síntesis se deben principalmente a estructuras repetitivas y contenido de GC en el extremo. Las reglas siguientes pueden guiar su diseño. Sin embargo, tenga en cuenta que puede aumentar la probabilidad de éxito limitando las repeticiones y con un contenido de GC equilibrado.

Por ejemplo, si tiene un gen con un 66 % de contenido general de GC, tendrá que reducirlo al menos al 65 % para que se sintetice, pero si puede reducirlo aún más a un ~60 %, será más probable que tenga éxito con el gen. Lo mismo ocurre con la eliminación de repeticiones, la reducción de los estiramientos de homopolímeros y la uniformidad de variaciones extremas en las ventanas de GC. Cuanto más pueda evitar o reducir tales estructuras en su gen, más probabilidades tendrá de que la síntesis de su gen sea un éxito.

REGLAS

• Evite repeticiones de ≥ 20 pb o Tm ≥ 60 °C. El contenido global de GC debe estar entre el 25 % y el 65 %
• Evite las diferencias extremas en el contenido de GC dentro de un gen (es decir, la diferencia en el contenido de GC entre el tramo de 50 pb más alto y el más bajo no debe ser superior al 52 %)
• Minimizar los homopolímeros. Minimizar el número/longitud de pequeñas repeticiones dispersas a lo largo de la secuencia
• Para las etiquetas HIS, utilice una combinación de codones CAC y CAT, es decir, CACCAT