Los problemas de síntesis se deben principalmente a la presencia de estructuras repetitivas, contenido de GC extremo y homopolímeros. Utilizamos un método de aprendizaje automático para determinar la probabilidad de éxito. Por este motivo, en la mayoría de los casos no se puede apuntar a una única razón que justifique el rechazo de una secuencia. La complejidad o el rechazo suelen deberse, más bien, a una combinación de características que aportan a una secuencia un determinado nivel de complejidad. Las únicas normas de aplicación estricta son las siguientes:

• Evitar homopolímeros >= 14 bp

• No incluir CcdB (sistema de toxinas-antitoxinas de tipo II)

Si surge algún problema, recomendamos no realizar, o reducir al mínimo, las repeticiones, las regiones con contenido de GC extremo y los homopolímeros. Destacaremos las regiones más problemáticas si su secuencia es compleja, no se puede construir, o contiene secuencias que entran en conflicto con nuestros procesos internos.