Twist NGS Methylation Detection System

En partenariat avec New England Biolabs (NEB), Twist propose un nouveau procédé d’analyse de méthylation par séquençage qui améliore la qualité des banques et supprime la nécessité d’un traitement au bisulfite pendant la préparation. 
 
Le procédé comporte une conversion enzymatique des cytosines non méthylées (voir figure) pour identifier les sites de méthyl-cytosine (5mC) et d’hydroxyméthyl-cytosine (5hmC). 
 
La conversion enzymatique permet de produire des banques plus intactes et mieux représentées et, en fin de compte, de détecter la méthylation de manière plus sensible. Le système de préparation des banques est adapté au séquençage du génome entier et à l’enrichissement en aval avec les panels de méthylation Twist. 

La conversion EM-seq implique une série d’étapes enzymatiques pour convertir les cytosines non méthylées en uraciles. Le résultat final est le même que celui de la conversion au bisulfite classique, ce qui fait d’EM-seq un outil compatible avec les programmes d’analyse existants faisant appel à Bismark et bwa-meth. 

Le Kit Fast Hybridization and Wash de Twist offre des performances exceptionnelles et une flexibilité optimale. Il est possible de perfectionner les réactifs et les étapes afin de régler les paramètres de séquençage en aval et de réduire le temps de manipulation et l’utilisation des pipettes. 

Conçus à l’aide d’un algorithme très sophistiqué, les panels de méthylation personnalisés Twist capturent les cibles avec une efficacité exceptionnelle sur une large gamme de tailles de cibles. Ensemble, ces composants assurent la meilleure capture hybride possible des régions d’intérêt personnalisées.

La capture hors cible se produit fréquemment dans les flux de travail d’analyse de méthylation par séquençage, car le processus de conversion réduit la complexité de la séquence de l’échantillon pendant la préparation de la banque. 

Pour maximiser la capture des échantillons post-conversion, Twist NGS Methylation Detection System comporte un produit de blocage exclusif conçu spécifiquement pour la détection de la méthylation. Appelé Methylation Enhancer, ce réactif réduit jusqu’à la moitié la capture hors cible.  
 

Les niveaux de méthylation varient considérablement dans le génome humain, et les régions différentiellement méthylées (DMR) permettent d’identifier certains cancers. 

Pour tester les effets des niveaux de méthylation sur les performances du Twist NGS Methylation Detection System, des banques de niveaux de méthylation variables (de 0 à 100 % de méthylation) ont été créées en combinant de l’ADN génomique hypo- et hyperméthylé dans des proportions définies. Cette analyse a montré que les effets du niveau de méthylation sur les paramètres de séquençage final étaient minimes.

Le Twist NGS Methylation Detection System capture également les régions hypo- et hyperméthylées avec une grande sensibilité.