CVL

La plateforme de synthèse d’ADN sur silicone et la technologie de banque de Twist Bioscience procurent aux scientifiques des banques de qualité fournissant des données fiables en moins de temps. Comparée à deux autres technologies concurrentes (figure 1), la banque de Twist présente un écart de moins de 1 % par rapport à la fréquence des acides aminés prévue.  Outre la correspondance précise des ratios d’acides aminés, la plateforme de synthèse d’ADN conçue in silico de Twist intègre de manière transparente les motifs de liaison souhaitables et les variations de longueur dans des banques de domaines multiples, ce qui permet aux scientifiques de concevoir et de personnaliser avec précision des banques de variants offrant une analyse complète des espaces de variants.

Avec les banques Twist, les problèmes et défis typiques des banques NNK et TRIM n’ont pas lieu d’être. Chaque variant est imprimé base par base et passé au crible avant synthèse, ce qui permet d’éliminer les codons d’arrêt, les motifs de responsabilité, les mutations indésirables et tout biais indésirable, le tout au début du processus. La banque est ainsi enrichie des variants fonctionnels demandés, tandis que le criblage est réduit.

Nos banques de pointe, conçues avec précision, prêtes à l’emploi et très diversifiées, offrent aux scientifiques davantage de possibilités d’atteindre leurs objectifs de recherche.

Twist fait appel à son expertise en biologie moléculaire pour élaborer avec précision des banques de variants. Notre méthode de contrôle par base unique nous permet de produire des banques très diversifiées, sans motifs susceptibles de perturber votre processus de sélection. Nous proposons des banques entièrement personnalisées d’une qualité inégalée, avec les variants souhaités présents dans des proportions définies par l’utilisateur. Vous pouvez voir ici un exemple de CVL représentatif de cette qualité. Des variants dans sept positions séquentielles d’acides aminés ont été générés et tous présentent les variants attendus aux positions indiquées, avec presque tout le ratio souhaité :

Aux positions 1 et 6, l’acide aminé de type sauvage a été demandé à 40 % (position 1) et 30 % (position 7). Les 18 acides aminés restants ont tous été demandés à un taux ne dépassant pas 3,3 %.

En position 3 à 5, des résidus d’acides aminés ont été demandés et observés à 5,3 %.

Nos banques de variants précises vous permettent de choisir les séquences CDR (complimentary defining regions) uniques que vous souhaitez voir incorporées dans la ou les structures choisies.

Chaque CDR peut bénéficier de l’optimisation des codons pour éviter la création de sites de restriction indésirables. L’apprentissage automatique fait désormais partie intégrante de la recherche scientifique et a été utilisé comme outil pour analyser des banques d’anticorps et identifier des combinaisons uniques de CDR qui donneraient, par exemple, une affinité et une spécificité plus élevées. 

Associées à la plateforme de synthèse sur silicone de Twist, les combinaisons de banques explicites générées par l’analyse peuvent être synthétisées et intégrées de manière continue dans une banque entièrement synthétique afin d’affiner l’exploration de l’espace des variants.

Notre plateforme permet la synthèse uniforme d’oligonucléotides très complexes, ce qui minimise les biais potentiels dans le flux de travail en aval. Notre équipe de scientifiques a développé une stratégie pour maintenir cette uniformité tout au long de la fabrication de la banque et du clonage. Il s’agit d’étapes du flux de travail dont on a constaté qu’elles introduisaient un biais pouvant conduire à l’apparition disproportionnée de certaines variantes dans les cribles/analyses. En maintenant l’uniformité de départ et en minimisant les abandons ainsi que les variantes sous-représentées, nos banques clonées sont capables de maintenir un niveau élevé de diversité, ce qui permet de réduire le temps et les efforts de criblage. 

Comme toutes les banques sont vérifiées par NGS, les données négatives permettent d’identifier les mutations qui n’améliorent pas les fonctions et qui peuvent être supprimées lors de l’itération suivant la conception de la banque.

Le tableau montre la fréquence des acides aminés (%) à quatre sites d’un domaine mutagène après l’assemblage linéaire de la banque et après le clonage. Les colonnes attendues pour chaque position montrent la fréquence souhaitée de chaque substitution d’acide aminé. Ces données montrent que tous les variants attendus étaient présents à toutes les positions, et que l’uniformité a été maintenue tout au long de l’assemblage et du clonage.