La enfermedad mínima residual (MRD) es la presencia de un pequeño número de células cancerígenas malignas que permanecen en el cuerpo tras una intervención terapéutica exitosa. La MRD puede persistir a niveles bajos en pacientes que pueden estar en remisión o no mostrar ningún síntoma fenotípico. Los niveles detectables de MRD son un factor de riesgo de recurrencia, ya que las células cancerígenas en el cuerpo pueden metastatizar y proliferar con el tiempo. Aunque las tecnologías convencionales de vigilancia, como la obtención de imágenes radiográficas, son métodos muy sensibles, el número de células cancerígenas restantes puede ser tan pequeño que no las detecten hasta que aparezcan los síntomas de recurrencia.
El control de las MRD puede conseguirse mediante biopsias líquidas, que permiten realizar pruebas diagnósticas de sangre u otros fluidos corporales. Este enfoque tiene el potencial de detectar células cancerígenas residuales antes que los métodos de vigilancia estándar, lo que permite una intervención terapéutica precoz. Para ello, se utiliza el ADN tumoral circulante (ADNtc) como biomarcador en las pruebas de MRD de las biopsias líquidas. Un enfoque común es generar un perfil de variante del tumor principal de un paciente a través de la secuenciación de exomas completos o genomas completos justo antes del tratamiento. Entonces, se selecciona un subconjunto de variantes específicas del paciente de este tumor principal y se diseña un pequeño panel de enriquecimiento del objetivo (panel de MRD) contra estas variantes de interés. Después del tratamiento, las pruebas repetidas de MRD se utilizarán para controlar la recurrencia de la enfermedad del paciente a intervalos de tiempo establecidos, de modo que pueda evaluarse la reaparición en sangre de los biomarcadores de ADNtc seleccionados.
El panel MRD Rapid 500 Twist Bioscience es una solución escalable de enriquecimiento del objetivo para controlar la enfermedad residual mínima que aprovecha la plataforma de síntesis de ADN basada en silicio de Twist Bioscience con el fin de diseñar y fabricar paneles de captura para una medicina personalizada. Los algoritmos de diseño patentados de Twist y el proceso optimizado de fabricación permiten la automatización del diseño, la síntesis y un tiempo de respuesta breve de tan solo 6 días laborables desde el momento del pedido. Diseñe una red más amplia para caracterizar por completo la respuesta adyuvante a nivel genómico con paneles de MRD que van de 50 a 500 sondas por panel y son compatibles con el flujo de trabajo de preparación de bibliotecas de NGS y captura híbrida existente.
La enfermedad mínima residual (MRD) es la presencia de un pequeño número de células cancerígenas malignas que permanecen en el cuerpo tras una intervención terapéutica exitosa. La MRD puede persistir a niveles bajos en pacientes que pueden estar en remisión o no mostrar ningún síntoma fenotípico. Los niveles detectables de MRD son un factor de riesgo de recurrencia, ya que las células cancerígenas en el cuerpo pueden metastatizar y proliferar con el tiempo. Aunque las tecnologías convencionales de vigilancia, como la obtención de imágenes radiográficas, son métodos muy sensibles, el número de células cancerígenas restantes puede ser tan pequeño que no las detecten hasta que aparezcan los síntomas de recurrencia.
El control de las MRD puede conseguirse mediante biopsias líquidas, que permiten realizar pruebas diagnósticas de sangre u otros fluidos corporales. Este enfoque tiene el potencial de detectar células cancerígenas residuales antes que los métodos de vigilancia estándar, lo que permite una intervención terapéutica precoz. Para ello, se utiliza el ADN tumoral circulante (ADNtc) como biomarcador en las pruebas de MRD de las biopsias líquidas. Un enfoque común es generar un perfil de variante del tumor principal de un paciente a través de la secuenciación de exomas completos o genomas completos justo antes del tratamiento. Entonces, se selecciona un subconjunto de variantes específicas del paciente de este tumor principal y se diseña un pequeño panel de enriquecimiento del objetivo (panel de MRD) contra estas variantes de interés. Después del tratamiento, las pruebas repetidas de MRD se utilizarán para controlar la recurrencia de la enfermedad del paciente a intervalos de tiempo establecidos, de modo que pueda evaluarse la reaparición en sangre de los biomarcadores de ADNtc seleccionados.
El panel MRD Rapid 500 Twist Bioscience es una solución escalable de enriquecimiento del objetivo para controlar la enfermedad residual mínima que aprovecha la plataforma de síntesis de ADN basada en silicio de Twist Bioscience con el fin de diseñar y fabricar paneles de captura para una medicina personalizada. Los algoritmos de diseño patentados de Twist y el proceso optimizado de fabricación permiten la automatización del diseño, la síntesis y un tiempo de respuesta breve de tan solo 6 días laborables desde el momento del pedido. Diseñe una red más amplia para caracterizar por completo la respuesta adyuvante a nivel genómico con paneles de MRD que van de 50 a 500 sondas por panel y son compatibles con el flujo de trabajo de preparación de bibliotecas de NGS y captura híbrida existente.
Los paneles Twist MRD Rapid 500 proporcionan la mayor parte de sus datos de secuenciación al proporcionar una tecnología de captura uniforme y un proceso de diseño optimizado líderes del sector. Ahorre en los costes totales de secuenciación con tasas de rendimiento de captura fuera de objetivo excepcionales y 80 veces superiores. Controle todas las variantes de interés con cobertura para cada uno de sus objetivos.
Twist ha diseñado cinco paneles de MRD de 200 sonda dirigidos específicamente a variantes somáticas del cáncer de pecho, de pulmón, colorrectal, el melanoma y el carcinoma de células renales. Asimismo, Twist ha aprovechado su kit establecido de preparación mecánica de bibliotecas con el sistema de adaptadores de UMI Twist y un protocolo de enriquecimiento del objetivo recientemente optimizado para mejorar aún más el rendimiento del panel de MRD.
Los resultados demuestran que el sistema actualizado mejora drásticamente el rendimiento de los paneles pequeños, ya que puede reducir las tasas fuera de objetivo de cada panel a tan solo el 10-15 % con una cobertura uniforme en todos los objetivos de interés.
El rendimiento del panel de captura, especialmente de paneles con pocas sondas, depende de la especificidad de las secuencias de sondas con respecto a las regiones objetivo del genoma. Las especies de sondas con elementos repetitivos superpuestos ubicados en todo el genoma pueden hibridizar no solo a regiones de interés, sino también a muchos otros fragmentos de biblioteca no deseados, lo que provoca el desperdicio de las secuencias.
Los paneles MRD Rapid 500 Twist están diseñados mediante algoritmos de filtrado patentados que cribarán sondas de un panel si se prevé que esto proporcionará más datos de secuenciación fuera de objetivo. Las sondas con elementos repetitivos superpuestos pueden provocar eventos fuera de objetivo impredecibles. Sin los filtros para elementos repetitivos, como se muestra en la figura siguiente, la tasa fuera de objetivo podría ser moderada (panelA sin filtro) o alta (panelB sin filtro). Sin embargo, al filtrar las sondas problemáticas, las tasas fuera de objetivo son sistemáticamente bajas (filtro panelA y filtro panelB).
Los paneles Twist MRD Rapid 500 proporcionan la mayor parte de sus datos de secuenciación al proporcionar una tecnología de captura uniforme y un proceso de diseño optimizado líderes del sector. Ahorre en los costes totales de secuenciación con tasas de rendimiento de captura fuera de objetivo excepcionales y 80 veces superiores. Controle todas las variantes de interés con cobertura para cada uno de sus objetivos.
Twist ha diseñado cinco paneles de MRD de 200 sonda dirigidos específicamente a variantes somáticas del cáncer de pecho, de pulmón, colorrectal, el melanoma y el carcinoma de células renales. Asimismo, Twist ha aprovechado su kit establecido de preparación mecánica de bibliotecas con el sistema de adaptadores de UMI Twist y un protocolo de enriquecimiento del objetivo recientemente optimizado para mejorar aún más el rendimiento del panel de MRD.
Los resultados demuestran que el sistema actualizado mejora drásticamente el rendimiento de los paneles pequeños, ya que puede reducir las tasas fuera de objetivo de cada panel a tan solo el 10-15 % con una cobertura uniforme en todos los objetivos de interés.
El rendimiento del panel de captura, especialmente de paneles con pocas sondas, depende de la especificidad de las secuencias de sondas con respecto a las regiones objetivo del genoma. Las especies de sondas con elementos repetitivos superpuestos ubicados en todo el genoma pueden hibridizar no solo a regiones de interés, sino también a muchos otros fragmentos de biblioteca no deseados, lo que provoca el desperdicio de las secuencias.
Los paneles MRD Rapid 500 Twist están diseñados mediante algoritmos de filtrado patentados que cribarán sondas de un panel si se prevé que esto proporcionará más datos de secuenciación fuera de objetivo. Las sondas con elementos repetitivos superpuestos pueden provocar eventos fuera de objetivo impredecibles. Sin los filtros para elementos repetitivos, como se muestra en la figura siguiente, la tasa fuera de objetivo podría ser moderada (panelA sin filtro) o alta (panelB sin filtro). Sin embargo, al filtrar las sondas problemáticas, las tasas fuera de objetivo son sistemáticamente bajas (filtro panelA y filtro panelB).
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Panel Twist MRD Rapid 500, 12 pruebasNombre de producto
Panel MRD Rapid 500, 12 pruebasNúmero mínimo de sondas
50Número máximo de sondas
500Formato de archivo de entrada compatible
Plantilla de archivo BED de objetivos (consulte Recursos)Número máximo de paneles por pedido
150Control de calidad
qPCRMétodo de entrega
tubos de matrizEnsamblajes de genoma de diseño compatibles
hg19, hg38Tiempo de respuesta
Paneles enviados en 6 días laborables105878
Panel Twist MRD Rapid 500, 12 pruebasNombre de producto
Panel MRD Rapid 500, 12 pruebasNúmero mínimo de sondas
50Número máximo de sondas
500Formato de archivo de entrada compatible
Plantilla de archivo BED de objetivos (consulte Recursos)Número máximo de paneles por pedido
150Control de calidad
qPCRMétodo de entrega
tubos de matrizEnsamblajes de genoma de diseño compatibles
hg19, hg38Tiempo de respuesta
Paneles enviados en 6 días laborables
Ficha del producto
Guía/Directriz
Protocolo
Protocolo
Protocolo de enriquecimiento del objetivo de hibridación estándar de Twist v2 para la aplicación MRD
Archivos de datos
Panfleto
Panfleto
Soluciones de investigación biocientífica de Twist para la detección y monitorización temprana del cáncer
Póster
Póster
Detección de alta sensibilidad de mutaciones somáticas específicas de frecuencia ultrabaja para la monitorización de MRD
Protocolo
Protocolo de enriquecimiento del objetivo de hibridación estándar de Twist v2 para la aplicación MRD
Panfleto
Soluciones de investigación biocientífica de Twist para la detección y monitorización temprana del cáncer
Póster
Detección de alta sensibilidad de mutaciones somáticas específicas de frecuencia ultrabaja para la monitorización de MRD
