Actualmente, estamos utilizando un modelo patentado para predecir si una sonda será o no difícil de detectar mediante la secuenciación de Illumina. Las entradas de este modelo incluyen contenido de GC, complejidad global (medida como el número de kmers distintos contenidos en una secuencia de sonda), complejidad local (medida como el número de kmers distintos dentro de una región limitada de una secuencia) y presencia de homopolímeros.

Generalmente, las sondas con contenido de GC > 85 %, homopolímeros de más de 20 nucleótidos o repeticiones en tándem de di o trinucleótidos de más de 30 nucleótidos serán difíciles de secuenciar.