Para mantener la expresión de proteínas de tipo salvaje:

• Evitamos el uso de codones raros (aquellos con una frecuencia de codones < 8 %).
• Nos aseguramos de que las secuencias no tengan horquillas fuertes (ΔG < -8) en los primeros 48 pares de bases de las secuencias resultantes.
• Verificamos ambas hebras para asegurarnos de que no contengan los sitios de corte de enzimas que nos pidió que evitáramos.
• Evitamos la introducción de secuencias promotoras internas a las secuencias de expresión evitando la creación de sitios de unión fuerte a sigma70.
• Evitamos secuencias que creen sitios de unión fuerte a ribosomas (GGAGG y TAAGGAG).
• Evitamos secuencias que creen secuencias terminadoras (TTTTT o AAAAA).

Para mejorar la probabilidad de éxito en la fabricación:

• No introduciremos ninguna repetición de más de 20 pares de bases.
• Evitamos series de homopolímeros de 10 o más bases.
• Evitamos secuencias ajustadas que crean un % de GC global de menos del 25 % o de más del 65 % y ventanas de GC locales (50 pb) de menos del 35 % o de más del 65 %.

Tenga en cuenta que la optimización de codones es útil para mejorar las posibilidades de una síntesis exitosa, no la expresión de proteínas.